Sistem Totally Study School yang diterapkan sejak 1993 merupakan penerapan dari sistem KBK (Kurikulum Berbasis Kompetensi) yang disempurnakan dengan KTSP (Kurikulum Tingkat Satuan Pendidikan). Diharapkan dengan metode ini peserta didik mampu mengembangkan semua potensi yang ada dalam dirinya meliputi SQ (Spiritual Quotion), IQ (Intelegent Quotion) dan EQ (Emotion Quotion).
Sistem Totally Study School bertujuan untuk memaksimalkan metode penemuan (Inkuiri) melalui kegiatan laboratorium dan tutor sebaya, sebagai aplikasinya yaitu melalui pembelajaran di alam terbuka (di luar kelas) yang dilaksanakan peserta didik mulai kelas I – VI dan disesuaikan dengan mata pelajaran.
Dalam kegiatan pembelajaran sehari-hari, Totally Study School memanfaatkan semua lingkungan sekolah sebagai sarana belajar bagi peserta didik diantaranya :
1. Pembelajaran ISMUBA (Al Islam, Kemuhammadiyahan, dan Bhs. Arab), melalui :
- Penyambutan kedatangan peserta didik setiap pagi oleh bapak dan ibu guru sambil mengucapkan “salam”
- Pembinaan TPA bagi peserta didik kelas I-IV meliputi baca tulis Al Quran
- Praktek sholat berjamaah bagi peserta didik kelas II yang diimami secara bergantian
- Pembinaan sholat wajib berjamaah bagi peserta didik kelas III-VI sebagai materi pembelajaran intrakurikuler dan buku rajin sholat sebagai bentuk pendisiplinan di rumah
- Tadarus Al Quran setiap hari menjelang pelajaran dimulai dan hafalan surat-surat pendek (Juz Amma), serta doa-doa harian
- Kuliah Tujuh Menit (KULTUM) menjelang sholat Dhuhur bagi peserta didik kelas III-VI bertujuan membekali rasa percaya diri untuk tampil di depan umum
- Pembinaan Ramadhan peserta didik meliputi kegiatan Darul Arqom bagi kelas I-V serta Latihan Dasar Kepemimpinan (LDK) bagi kelas VI
- Pembinaan keputrian bagi peserta didik kelas IV-VI yang dilaksanakan setiap hari Jumat.
- Pembinaan sholat dhuha kelas III-VI.
2. Pembelajaran umum, melalui :
- Kelas Reguler.
- Laboratorium bahasa, IPA, komputer, studio musik dan galeri karya peserta didik sebagai salah satu sarana aplikasi.
- Ekstra kurikuler sebagai sarana pengembangan bakat dan minat peserta didik.
- Penerapan tutor sebaya bagi peserta didik kelas IV-VI secara maksimal.
- Pemetaan peserta didik dalam pembinaan diatur sebagai berikut :
- Kelompok A: Siswa yang memperoleh nilai rata-rata lebih dari 9.
- Kelompok B: Siswa yang memperoleh nilai rata-rata antara 9 – 7,5.
- Kelompok C: Siswa yang memperoleh nilai rata-rata kurang dari 7,5.
- Kegiatan belajar peserta didik di rumah dikontrol melalui buku rajin dan buku rajin sholat yang disediakan sebagai jembatan komunikasi antara orang tua dengan guru.
- Kegiatan belajar luar sekolah (BLS) bagi kelas I-VI.